Основан университет в городе Турку в 1640 году как Королевская академия в Турку. В 1828 году был переведен в Хельсинки — ближе к административным властям. В 1944 году некоторые университетские строения были разрушены советской бомбардировкой.
Университетский городок состоит из четырех частей, каждая из которых имеет собственное научно-исследовательское направление. В центральном кампусе (Keskustakampus) располагаются факультеты гуманитарных и социальных наук, теологии и права, а также отделение открытого университета. В Мэилахти (Meilahti) учатся студенты медицинского факультета. Математики, географы, геологи и метеорологи расположились в кампусе Кумпула (Kumpulan kampus). Студенты сельскохозяйственного факультета, а также фармацевты и ветеринары занимаются в Виикки (Viikki). Помимо этого, университет имеет ряд региональных сейсмологических станций. А в январе 2012 года при университете начал работу новый Центр исследований России.
По версии Times, университет снизил позицию и с 2012 года уже не входит в сотню самых престижных университетов мира, а в сотне европейских занимает 30-е место.