Более половины территории Лапландского заповедника покрыто лесами, горные тундры занимают около 30%, а остальное — болота, реки и озера.

Горы заповедника имеют хорошо выраженную высотную поясность. Хотя горы относительно невысокие, но растительные зоны выделяются четко. Верхняя граница лесов колеблется от 250 до 450 м, иногда заходит и выше. Для равнины, окружающей горы, характерны елово-сос-новые леса. Обычно они растут по нижним склонам. По мере поднятия в горы сосна уступает место ели. Выше 350 м идут елово-березовые криволесья, которые постепенно сменяются березовыми. Это уже началась лесотундра. Здесь можно встретить так называемые «бараньи лбы» — обкатанные ледником скалистые выступы рельефа, каменные гряды, состоящие из моренного материала, небольшие бессточные озерки, образовавшиеся после таяния льда. Пологие участки покрыты лишайниками, мхами, кустарничками. Растительность горной тундры своеобразна и нередко представлена характерными только для нее видами: альпийской толокнянкой, карликовым рододендроном, филлодоце, дриадой и диапенсией лапландской. Из животных здесь обитают норвежский лемминг, пуночка, тундряная куропатка, кулики-хрустаны и золотистая ржанка.

Таежные леса заповедника состоят из трех основных пород деревьев: сосны, ели и березы. Сосняки довольно разнообразны и чаще всего встречаются в южной и юго-западной частях заповедника. Наиболее красивы ягельные боры. Слово «ягель» объединяет несколько видов наземных кустистых лишайников, главным образом кладоний. Ягель — основной корм северных оленей, особенно зимой, который они ловко раскапывают из-под снега копытами. Кольский Север — это страна лишайников, они широко встречаются в лесу и тундре.