Богата орнитофауна островов и побережий. Здесь насчитывают около 200 видов птиц. Но основное богатство заповедника — гага. Гага — это довольно крупная морская утка, массой 2,5—3 кг, из отряда гусеобразных. Окраска самцов яркая: причудливо сочетаются белый, черный, зеленоватый и розовато-охристый тона. Самки имеют однотонный серовато-коричневый наряд, украшенный сложным рисунком из многочисленных темных пестрин. Птицы прекрасно плавают, ныряют. Кормятся на литорали и сублиторали, вылавливая различных моллюсков, ракообразных, мелкую рыбу. В апреле — начале мая гаги возвращаются после зимовок на места гнездовий, и вскоре у них начинается брачный период. Самки выбирают место для гнезда в виде небольшого углубления, выемки у стволов деревьев, под кустами. Птицы выстилают гнездо своим пухом, выщипывая его клювом с нижней части груди и брюшка. На теле получается голое наседное пятно, которым птица согревает яйца и только что вылупившихся птенцов. К концу гнездового периода наседное пятно зарастает пухом. Откладывают гаги от 3 до 6 яиц в мае-июне. Насиживание длится 24—28 дней. Воспитанием птенцов занимается только самка. Вылупившихся и обсохших малышей мать ведет к морю. Через 2,5—3 месяца гагачата начинают летать.

Осенью гаги покидают места гнездовий и отправляются на зимовки. Зимуют они в разных местах. Большинство гаг, размножающихся в Кандалакшском заливе, зимуют в полыньях Белого моря, вдоль Терского берега, в Горле Белого моря, но в основном в его южной части — Онежском заливе. Гаги, обитающие на побережье Баренцева моря, нередко зимуют вблизи мест гнездования, но значительная часть птиц отлетает на запад, к берегам Норвегии.

Когда кончается период насиживания, в конце июня — начале июля, начинают учет гнезд и одновременно сбор гагачьего пуха. Работа эта трудоемкая и требует большого количества участников. Для ее проведения приглашают юннатов, школьников, студентов, которыми руководят сотрудники заповедника. Учетчики идут параллельными линиями, цепью, недалеко друг от друга, внимательно осматривая каждую выемку, каждый куст, дерево.